Die Hauptorgane der Gemeinde Aystetten sind der 1. Bürgermeister und die 14 Gemeinderatsmitglieder. Der Vorsitz in den Gemeinderatssitzungen obliegt dem 1. Bürgermeister. Der Gemeinderat als politische Vertretung der Bürger ist das höchste Gremium, das über alle wichtigen Angelegenheiten entscheidet.

Aus der Mitte des Gemeinderates werden die beiden Stellvertreter „2. Bürgermeister“ und „3. Bürgermeister“ gewählt.

1. Bürgermeister: Peter Wendel (Freie Wähler)

2. Bürgermeister: Roland Woppmann (CSU)

3. Bürgermeisterin: Ursula Reichenmiller-Thoma (Bündnis90/Die Grünen)